Face à subida do nível médio do mar, a Ria Formosa enfrenta problemas como o recuo da linha costeira, a erosão acelerada, a intrusão de água salgada e a degradação dos ecossistemas de zonas húmidas. A longo prazo, estas alterações implicam a perda de território e a diminuição do seu valor ecológico e socioeconómico, pondo em causa o capital natural da região, a população costeira e o dinamismo de algumas atividades económicas. A análise da dinâmica da paisagem lagunar sugere que, entre 2025 e 2100, ocorrerá perda de cerca de 15% da área de sapal, o que poderá comprometer o funcionamento pleno da sucessão ecológica da zona húmida.
