Perante os riscos ambientais que o Património Arqueológico enfrenta, agravados no quadro das alterações climáticas e dos eventos extremos, o projecto Água Doce/Água Salgada, seleccionou dois casos de estudos, o sítio de Vila Nova de São Pedro (VNSP) (Azambuja), ocupado ao longo do 3º milénio AC, e o sítio de Loulé Velho (LV) (Loulé), ocupado durante o período romano, cujas estruturas arquitectónicas estão respectivamente expostas, aos impactos da vegetação autóctone invasiva e das águas pluviais e aos fenómenos agravados de erosão costeira. Os trabalhos de campo, realizados por uma equipa multidisciplinar, concluem que as muralhas de calcário de VNSP estão severamente ameaçadas pela vegetação de tipo arbustivo e apesar da qualidade do ar – demonstrada pela variedade de líquenes no local – a degradação das estruturas pelo efeito das chuvas é visível. Em LV, o avanço rápido das águas do mar ameaça as estruturas que ainda restam do sítio, em risco de total desaparecimento.