Constituem o nível máximo de orientações das prioridades de política pública do Governo a médio prazo, sendo definidos na Lei das Grandes Opções. Os desafios caracterizam-se por identificar e descrever um conjunto de problemas e fenómenos, a que se associa uma visão política. Os desafios, tipicamente, estão ligados ao Programa do Governo ou a necessidades iminentes e inesperadas, confluindo num conjunto de domínios de política, que marcam as áreas de política de atuação do Governo.